1908
Se produce el desembarco en Independiente de la tercera “B” de Racing, reciente campeona de la Copa de Competencia, y de algunos dirigentes que no estaban de acuerdo con el manejo del club.Esto causó más broncas a Luis Carbone y su gente que estaba dispuesta a perjudicar a Independiente.
Quedó de manifiesto cuando “el árbitro Morazzani le birla la Copa Competencia de Tercera (El Diario) al poderoso team de Independiente en la final ante Ferro evitando así que el núcleo de escindidos de Racing ganaran la Copa con la casaca roja”.
Ese año Independiente mantuvo un invicto jugando en su cancha de CrucesitaTres meses antes en vísperas del primer match por la Copa Competencia ante GEBA el Concejo decide enviar a última hora (las 16) a sus inspectores de estado de fields, los cuales traían consigo plenos poderes para clausurar la cancha de Independiente. Como no encontraran grandes irregularidades en que basarse para clausurar el field (ya se daba por sentado que el partido se jugaría en GEBA, y así lo anunciaban los diarios) alegaron que el alambrado del field estaba en falsa escuadra y que frente a los arcos el pasto estaba ralo. El sobrehumano trabajo que realizaron los socios para dejar todo en las condiciones que exigían, permitió tapar la boca a los inspectores, pero quedaba bien en claro que había un enemigo declarado en el seno de la AFA que estaba dispuesto a no cejar hasta lograr la desafiliación de los rojos.
1909
El equipo que participaba en la Segunda Divisón (División Intermedia) gana la Copa Competencia Adolfo Bullrich, siendo el primer título de Independiente.Le ganó a Alumni, GEBA, Ferro, Estudiantil Porteño y la final a San Isidro (CASI, que dejaría el fútbol antes del profesionalismo y se destacaría en el Rugby).
1910
La Asociación pretendía en 1910 el ascenso de Racing, que finalmente se produjo. El encuentro de Independiente ante Kimberley era determinante para el futuro de la zona con lo cual era imperioso impedir el triunfo de los rojos.
Los medios de prensa percatados de estos sucios manejos comenzaron a aludir en los días previos al partido que algo raro sucedería el domingo. Así fue.
El juez cometió todas las arbitrariedades permitidas en un match entre las que resalta la siguiente: anuló dos goles de Independiente por offside, cuando fueron legítimos. Independiente perdió 2 a 1 y el público respondió con violencia a las provocaciones del árbitro Ludovico Dollens. La AFA clausuró la cancha de Independiente hasta el fin de la temporada.
1911
Se le suspendieron a Independiente jugadores por motivos incomprobables y no precisamente jugadores de medio pelo, sino las principales figuras (entre 1911 y 1912 fueron suspendidos Hospital, Ochoa, Buruca Laforia, Garay, Idiarte y Colla). Diría el diario “La Mañana”:
En el torneo Independiente pudo haber ascendido como primero, pero partidos suspendidos se le dieron por ganado al equipo campeón (Estudiantes) y fueron suspendidos varios jugadores de Independiente. En ese mismo torneo Boca se salvó de descender a la tercera división en la última fecha.Terminaría segundo y luego no ascendería aunque un equipo se desafiliaba de la Liga Amateur.
Primer encuesta inédita donde se ve la popularidad de Independiente a 3-4 años de haber llegado a Avellaneda (1911)
Independiente aventaja a Racing por casi 6.000 votos. Debe ser una de las primeras encuestas futboleras, y con varios miles. Siempre se había dicho que Independiente era muy popular desde sus comienzos, tanto es así que en pocos años llegó a tener mas gente que Racing. Hubo hinchas y socios de Racing que se pasaron a Independiente, así como un equipo entero de juveniles y algunos directivos que no estaban de acuerdo con su anterior club.
Independiente / Alumni y el no ascenso por el segundo puesto
El segundo puesto le hubiese otorgado a Independiente el ascenso a primera el año siguiente cuando Alumni decidió disolver sus equipos y abandonar el fútbol. Pero con fines de perjudicar a los rojos los miembros del Concejo Divisional aconsejaron anotar igualmente al multicampeón Alumni y que no se presente a jugar con lo cual Independiente no podía aspirar al ascenso.
Alumni obtuvo 10 títulos de la Primera División Argentina a lo largo de su historia. El club no volvió a participar en ningún torneo, a pesar de que se encontraba inscripto para el campeonato de 1912 de la Asociación Argentina de Football.
Estaba programado para el 14 de abril de ese año la primera fecha del torneo, en la que Alumni jugaría con Atlético Estudiantes. Sin embargo, el club no se presentó ni a ese partido ni a los dos restantes que debió disputar el 21 y 28 de abril contra Quilmes y Racing Club, respectivamente. Tras no presentarse a estos tres partidos, y en base al reglamento, la AAF eliminó a Alumni de la competición. Muchos de sus jugadores se integraron al plantel de Quilmes, equipo que obtendría el campeonato.
Las razones de su desaparición son consecuencia de su "espíritu amateur". Uno de sus principales problemas era el recambio de jugadores, ya que el club prácticamente no incorporaba jugadores de otros clubes sino que eran ex alumnos del colegio.
Y los jugadores del plantel, algunos de los cuales lo integraban desde hacía varios años, comenzaron a sentir el cansancio y querían continuar con sus vidas lejos del fútbol. Además se les dificultaba afrontar los gastos, principalmente el alquiler de un campo de juego ya que no disponían de uno propio.
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